Angewandte Forschung ist ein wesentliches Profilelement der heutigen Hochschulen. Neben der auftragsgebundenen Forschung und Entwicklung für Unternehmen werden auch Projekte bearbeitet, die durch europäische, Bundes- wie auch Landesmittel gefördert werden. Viele Projekte entstehen dabei in einem interdisziplinären Umfeld mit anderen Forschungspartnern (Verbundforschung). Dies ermöglicht dem IAF mit namhaften Universitäten, Hochschulen und Forschungsinstituten zusammen zu arbeiten und so im internationalen Wettbewerb zu bestehen. Forschung hat heute im Zusammenhang mit den Masterstudiengängen an der Hochschule Furtwangen an Bedeutung gewonnen, um die Aktualität der Lehre zu halten. Die Forschung an der Hochschule Furtwangen gliedert sich in Schwerpunkte, die von der Mikrosystem-, Produktions-, Umwelt- und der Medizintechnik über webbasierte Infrastrukturen und Anwendungen bis zur Innovations- und Genderforschung reichen.

Im Forschungsauftrag der Hochschulen ist insbesondere der Gesichtspunkt des Transfers von Forschungsergebnissen und wissenschaftlichen Erkenntnissen für KMU enthalten. Das IAF wird diesem Auftrag durch die angebotenen Kompetenzen als Dienstleister gerecht.

Ein quantitativer Maßstab für die Forschungsleistungen sind die Drittmittelaufkommen im Bereich der Forschung. Im Vergleich mit anderen Fachhochschulen Baden-Württembergs nimmt die Hochschule Furtwangen einen sehr guten Platz ein. Im Jahre 2010 wurde in 262 Veröffentlichungen und Vorträgen auf z.T. internationalen Konferenzen über die Forschungsergebnisse berichtet. In die Forschungsprojekte waren über Studien-, Bachelor- und Masterabeiten stets auch zahlreiche Studierende in die Forschungsaktivitäten eingebunden.